商标用许可合同未经备案仍然有效，但备案与否会干扰该合同对抗善意第三人的效力。依据最新的《中国商标法》及有关司法讲解，商标用许可合同自双方当事人意思表示一致并签订书面合同时起成立并生效。即使没有进行备案，许可合同本身在当事人之间的约束力不受影响。

然而，关于备案与对抗善意第三人的问题，《商标法》第四十三条第三款规定：“商标注册人许可别人用其注册商标的，应当报商标局备案，并由商标局公告。商标用许可未经备案不能对抗善意第三人。”

这意味着，尽管未备案的商标用许可合同在许可爱和被许可爱间是有效的，但在实务操作中，若因未备案致使第三方没办法通过官方途径获知许可状况而与商标注册人或者被许可爱发生权益冲突时，未备案的许可合同可能没办法用来排除善意第三人的权益倡导。

除此之外，商标用许可备案还能够帮助明确商标用权属状况，便捷市场买卖秩序的维护和管理，能够帮助保障许可双方的合法权益。因此，建议商标许可用合同订立后准时向商标局申请备案。

引使用方法条

中国商标法